Ep. 1
Mondi diversi
Tre mesi dopo che Tom Mason è stato rapito dagli alieni che hanno invaso la Terra, i suoi figli Hal e Ben sono ancora impegnati ad aiutare i ribelli, ma non smettono di cercare il loro padre.
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Stagione 2
Dopo 3 mesi dalla cattura di Tom, la Seconda Massachusetts è in guerriglia contro un gruppo di Alieni. Al di là del fiume, una base militare aliena è stata installata per impedire alla base umana di spostarsi. Intanto Tom, dopo aver subito un trattamento neuronale tramite biotecnologie aliene, viene liberato dall'incubatrice, e convocato dal capo alieno, un umanoide, che tramite un Impianto di Karen, comunica a Tom che la razza umana potrà trovare salvezza solo se la Seconda Massachusetts consentirà in modo pacifico all'esercito alieno di farsi rinchiudere in una riserva. Tom non accetta l'offerta, ma il capo Alieno, convinto del fatto che la razza umana non possa resistere alla tentazione di salvarsi, lascia libero Tom, insieme ad alcuni membri dell'esercito tenuti prigionieri. Tom assiste all'esecuzione di questi uomini, mentre lui viene lasciato libero. Dopo aver rimediato una moto, riesce a tornare a Boston. Mentre uccide uno skitter viene accidentemente colpito dal figlio Ben, che stava sparando allo stesso Skitter.
Ep. 1
Ep. 2
Ci riuniremo al fiume?
Anne opera la ferita di Tom, che guarisce e riesce a tornare a combattere. Tuttavia non può fare a meno di ripensare alle torture ricevute sulla navetta. I trattamenti neuronali degli alieni agiscono patchando il sistema nervoso tramite droghe sintetiche, simile a quelle presenti sulla terra, tramite l'Impianto.
Ep. 3
La bussola
Pope cerca di allontanare Tom dalla seconda Massachussets assieme alla squadra dei Berserker, tutti tranne Anthony, che come amico di Tom viene lasciato fuori per impedire che avverta il capitano. Ben e Jimmy però intervengono.
Ep. 4
Giovani vite
Ben e Hal sono di pattuglia per aiutare un ragazzo, ma le loro biciclette vengono rubate. La ricerca per i loro mezzi di trasporto li conduce a una grossa scoperta. Intanto Matt si ritrova in una situazione pericolosa mentre Weaver si ricongiunge con un membro della sua famiglia.
Ep. 5
Amore ed altri gesti di coraggio
Un volto familiare fa ritorno nel team, ma i suoi motivi sono messi in dubbio. Maggie fa luce sul suo passato e si avvicina a Hal.
Ep. 6
Ritorno a casa
In una ricognizione tra i boschi, Hal e Maggie trovano i corpi di un gruppo di ragazzi che hanno subito l'impianto alieno. Tra questi, Karen, che però si rivela essere ancora viva. Nel frattempo Weaver accusa un malore: la ferita subita dagli skitter rivela un'infezione che si sta rapidamente diffondendo nel suo corpo.
Ep. 7
Molon Labe
Ben si fida della persona sbagliata, mentre suo padre cattura un altro ostaggio. Nel frattempo, Weaver offre un lavoro a Matt e alcuni membri della Second Mass rimangono intrappolati in una cantina.
Ep. 8
La marcia della morte
Sulla strada per Charleston, il gruppo continua a soffrire per le recenti perdite che ha subito. Matt fa amicizia con una ragazza mentre Weaver scopre qualcosa in più sulla storia di Tector.
Ep. 9
Il prezzo della grandezza
Tector decide di abbracciare il suo passato militare, Maggie sospetta che Pope voglia abbandonare il gruppo. Durante il cammino verso Charleston il gruppo continua a incontrare nuova gente e Tom s'imbatte in un volto del passato.
Ep. 10
Un'unione sempre più perfetta
E' arrivato il momento della battaglia finale. Il gruppo si prepara per sconfiggere gli alieni.
