Mulder è scomparso e ritenuto morto ... sebbene Scully abbia una visione in cui è ancora vivo. Eppure, anche se riuniti, ognuno deve affrontare un'ulteriore perdita personale, tragedie che alla fine servono a rafforzare il loro reciproco legame. E presto si ritrovano a dipendere da quella forza mentre nemici già familiari riappaiono ed i preconcetti vengono infranti.
Ep. 1
È in corso una frenetica caccia all'agente Mulder e, cosa ancora più importante, il governo vuole il nastro contenente i dati che portava con sé. L'agente Scully, contro ogni previsione, cerca di scoprire dove si trovi, insistendo sul fatto che sia ancora vivo quando tutti gli altri lo negano.
Ep. 2
Mentre una squadra di sicari governativa si avvicina agli agenti, Mulder cerca indizi sul coinvolgimento di suo padre in un progetto top secret.
Ep. 3
Gli agenti indagano sulla morte di diversi giovani che sarebbero stati colpiti da un fulmine nella stessa cittadina.
Ep. 4
Un vecchio brontolone dotato di poteri psichici che gli permettono di prevedere la morte delle persone aiuta gli agenti nella caccia a un folle assassino che prende di mira i sensitivi. Inoltre, rivela in modo criptico a Mulder e Scully il loro destino finale.
Ep. 5
I nemici di un detenuto giustiziato sulla sedia elettrica cominciano a morire uno dopo l'altro.
Ep. 6
Donne timide e in sovrappeso vengono perseguitate online da un pretendente che le corteggia con poesie italiane. Le donne vengono poi ritrovate morte, i loro cadaveri spogliati della carne.
Ep. 7
Un uomo con quattro arti amputati diventa il principale sospettato in una serie di morti bizzarre in un ospedale militare.
Ep. 8
Una donna sperimenta una connessione psichica con un'adolescente tenuta prigioniera da un uomo squilibrato.
Ep. 9
Fox e Dana indagano su un video che ritrae l'autopsia di un alieno. Ma l'autore del video è stato ucciso. Scully fa la conoscenza di un gruppo di donne, vittime di rapimenti alieni, che dichiarano di conoscerla. Mulder rintraccia un vagone ferroviario, lo stesso forse dell'autopsia.
Ep. 10
Scully trova un centro dove Ishimori avrebbe condotto i suoi esperimenti, ma è già stata fatta pulizia: sono stati freddati degli strani individui deformi. Ishimori è inseguito da Mulder e da un killer, il quale rivela che nel vagone ferroviario c'è una bomba pronta ad esplodere.
Ep. 11
In tre anni sono stati uccisi 11 predicatori in Ohio. Ad un bambino iniziano a sanguinare inspiegabilmente le mani. Gli agenti scoprono che il padre anni prima si era barricato in casa col figlio per proteggerlo dal Male.
Ep. 12
Mulder segue lo sceriffo di una località dove si sono verificati degli assalti mortali ad opera di alcuni scarafaggi. L'agente si introduce in un centro di ricerche sugli insetti dove viene messo a parte sulla natura particolare degli esperimenti condotti per produrre metano da residui organici.
Ep. 13
Tre giovani liceali sono morti per mano, forse, di un gruppo di satanisti. Mulder si convince che gli avvenimenti hanno a che fare con l'imminente congiunzione astrale di Urano, Marte e Mercurio. Ma Scully decide di indagare da sola
Ep. 14
Un modello che aveva appena posato per un artista è morto. L'artista è stato arrestato e confessa a Mulder che un demone si era impossessato di lui ed ora si serve di qualcun'altro per soddisfare la sua brama di sangue.
Ep. 15
Un mercantile francese localizza un relitto della Seconda Guerra Mondiale. All'interno del velivolo è intrappolato un uomo ancora vivo, vittima di una contaminazione ad opera di un misterioso olio nero. Mulder indaga fino a Hong Kong dove ritrova Krycek ed il misterioso nastro.
Ep. 16
Mulder è convinto che nel relitto ci fosse un alieno capace di spostarsi da un corpo all'altro per mezzo dell'olio nero. Un uomo del Sindacato Ombra racconta ad un incredulo Mulder la storia di un UFO caduto durante la guerra. Ma il Fumatore impedisce agli agenti di trovare il velivolo.
Ep. 17
Modell viene arrestato all'interno di un supermercato. In seguito riesce a controllare l'autista della macchina nella quale è prigioniero ordinandogli di andare a sbattere contro un grosso camion. Mulder e Scully indagano.
Ep. 18
Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di un ricercatore del Museo di Storia Naturale di Boston. Secondo l'opinione del suo superiore, l'uomo sarebbe caduto vittima della minaccia dei Secona, una tribù dell'Ecuador, che vuole riavere indietro un teschio sacro.
Ep. 19
I due agenti indagano a Chinatown sul decesso di un ragazzo cinese. All'inizio Mulder pensa a dei fantasmi, ma ben presto viene alla luce l'esistenza di una terribile lotteria degli organi. Molti indigenti vendono parti del loro corpo a clienti facoltosi.
Ep. 20
Lo scrittore Josè Chung sta scrivendo un libro verità sugli UFO ed interroga Mulder e Scully sulla vicenda di due innamorati, Harold e Chrissy, i quali si sono ritrovati coinvolti in una sequenza di eventi improbabili.
Ep. 21
Skinner viene accusato dell'omicidio di una prostituta. Mulder e Scully aiutano il loro superiore e scoprono che costui è in procinto di divorziare. Skinner rivela di soffrire da tempo di disturbi del sonno.
Ep. 22
Mulder e Scully indagano sulla sparizione di un biologo avvenuta nei pressi di un lago, dove si dice dimori uno stretto parente del mostro di Loch Ness: Big Blue.
Ep. 23
Mulder indaga sul caso di un uomo che ha ucciso per ben 5 volte credendo di trovarsi di fronte sempre la stessa persona. Scully pensa ad una eccessiva esposizione televisiva, mentre Mulder segue la pista della manomissione dei cavi dell'energia elettrica.
Ep. 24
Alcuni testimoni di uno scontro a fuoco affermano di aver assistito alla guarigione miracolosa di alcuni feriti per mano di un individuo. La madre di Mulder ha un malore dopo un violento alterco col Fumatore. Il guaritore di nome Jeremiah Smith è inseguito dal cacciatore di taglie alieno.
Un film, una serie, un attore o un doppiatore. Oppure una domanda: «chi doppia Woody?»
