Ep. 1
Perduti nel tempo
L'astronave Astraeus ritorna sulla Terra dopo quattro anni e il suo equipaggio scopre che parecchie cose sono cambiate...
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Stagione 5
I protagonisti sono impegnati con le conseguenze della missione spaziale, dai salti temporali alla sparizione dell'Astraeus: Eureka si trova al centro di lotte di potere e i suoi cittadini saranno costretti a fare i conti con decisioni prese dall'alto.
Ep. 1
Ep. 2
Vite reali
Il Senatore Wen arresta il gruppo di ricerche e Kevin disegna uno strumento in grado di trovare l'astronave Astraeus che è ancora mancante dopo quattro mesi. Purtroppo la messa a punto del progetto si ferma quando Andy e Carter sono arrestati per aver rubato un componente essenziale alla macchina.
Ep. 3
Uscita forzata
Beverly Barlowe si fa di nuovo viva a Eureka per chiedere l'aiuto di Carter per liberare l'equipaggio della Astraeus. Il piano di salvataggio trasferisce Carter nel mondo virtuale dell'equipaggio.
Ep. 4
Fuoco amico
L'equipaggio della Astreus cerca di superare la loro esperienza con la Matrix, Fargo non riesce ad accettare la morte di Holly e l'ultimo progetto di Parrish minaccia di ravvivare vecchie animosità.
Ep. 5
Scambi neuronali
L'equipaggio si sforza di andare avanti dopo gli ultimi eventi, ma la visita di Warren non fa che aumentare la tensione.
Ep. 6
La peggiore delle ipotesi
Henry organizza una prova generale antipanico che finisce in un disastro mentre Fargo deve vedersela con una dura verità.
Ep. 7
Matrimonio sott'acqua
I piani romantici tra Carter e Allison si ritrovano complicati da un sottomarino e tocca a loro due salvare l'equipaggio, sempre che lei riesca a mettere in ordine il disastro causato alla Global Dynamics.
Ep. 8
Tutto per un amico
Fargo è convinto che Holly si trovi ancora nel computer Matrix ma il Dipartimento della Difesa è determinato a cancellare il disco rigido eliminando per sempre la possibilità di salvare la dottoressa Marten.
Ep. 9
Quel genio di Carter
Carter subisce un dosaggio di una droga che lo rende più intelligente ma le sue teorie mandano all'aria le leggi della fisica mettendo in pericolo i suoi amici e l'intera città.
Ep. 10
In luna di miele
La luna di miele di Jack e Allison viene interrotta quando a Eureka si scopre un sabotaggio. Holly intanto sta affrontando nuove battaglie.
Ep. 11
La polvere intelligente
Un esperimento andato male isola Eureka dal resto del mondo e minaccia di uccidere tutti gli abitanti della città, a meno che Carter non scopra il sabotatore prima che sia troppo tardi.
Ep. 12
L'attacco dei cloni
Gli abitanti di Eureka vengono rapiti e sostituiti da doppioni. Allison, Fargo e Zane cercano di capire cosa sta succedendo prima di essere rapiti a loro volta.
Ep. 13
Solo un altro giorno
Il Dipartimento della Difesa ha deciso di chiudere Eureka, ma l'evacuazione della città è ritardata dall'apparizione di un tunnel spaziale.
