La stagione 3 segue i tentativi i di Hanna di distruggere la Utrax, la sinistra organizzazione che l'ha creata, con l'aiuto della tormentata ex agente della CIA Marissa Wiegler. La storia attraversa l'Europa e raggiunge un drammatico climax, quando Hanna e Marissa scoprono la vera, spaventosa portata dell'operazione, e chi ne sia il vero responsabile.
Ep. 1
Hanna torna ai Meadows con la sua copertura intatta, grazie a John Carmichael, responsabile del programma costretto da Marissa a collaborare. Mentre le allieve si preparano per le prime missioni, Marissa contatta un analista della CIA a Vienna, che è sulla lista degli obiettivi, e lo utilizza per avere informazioni. A Parigi, Hanna incontra il suo obiettivo Abbas, un carismatico giovane attivista.
Ep. 2
Non riuscendo a dimenticare Abbas, Hanna infrange il protocollo e va da lui al nascondiglio. Marissa riconosce il Presidente dalla foto di Hanna e sente il mondo crollarle addosso. Mentre le due pianificano il sabotaggio del nuovo assassinio, un piccolo errore desta sospetti. Hanna intercetta l’agente Utrax mandato a indagare, ma Carmichael viene scoperto, e Hanna e Marissa cadono in un’imboscata.
Ep. 3
Hanna e Marissa agiscono in fretta ora che sono state scoperte. Vogliono andare a Vienna convinte che lì ci sia il quartier generale dei Pionieri e sede del programma di assassini, ma Hanna prima va in cerca di Abbas. Marissa prosegue per Vienna. Entrambe non sanno di andare incontro a una trappola.
Ep. 4
Hanna e Marissa si introducono nel quartier generale dei Pionieri e scoprono la terribile verità dietro alla lista degli assassinii e alla sua creazione. All’interno, Marissa affronta Evans (alias il Presidente) permettendo ad Hanna di fuggire con le prove per fermare il programma.
Ep. 5
Hanna e Marissa sono quasi spacciate. Hanna è tenuta prigioniera da Evans mentre le prove che ha Marissa per distruggere i Pionieri sono criptate e inutilizzabili. Quando Hanna cerca di fuggire trova la chiave per poter distruggere i Pionieri, ma il brutale interrogatorio di Evans potrebbe spezzare Hanna prima che lei possa agire.
Ep. 6
Hanna e Marissa tornano al quartier generale dei Pionieri ma con la missione di procurarsi le prove necessarie a fermare il programma. Quando si rendono conto che Abbas e sua figlia sono in pericolo, si precipitano a salvarli. Nelle foreste intorno a Vienna, Hanna deve salvare Abbas, mentre Marissa affronta Evans un'ultima volta.
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