Ep. 1
Presagi
A Napoli Cesare si innamora di Carlotta, il cui cuore appartiene a Guy de Leval. Intanto, nascosta in casa della madre Vannozza, Lucrezia aspetta il figlio di Pedro.
Ep. 1
Ep. 2
Il Mercoledì delle Ceneri
Della Rovere, acerrimo nemico di Rodrigo, lancia brutte accuse contro il suo segretario Gacet. Rodrigo chiede ad Alessandro Farnese di riportare Giulia a Roma. Lucrezia accetta di lasciare il figlio appena nato Giovanni a Giulia.
Ep. 3
La Domenica delle Palme
Quando Cesare torna a Roma, usa un semplice trucco per calmare le masse ribelli. Il cugino di Lucrezia, il giovane cardinale Lanzol, la convince ad affidare Giovanni alle cure dell'odiata Adriana de Mila. Rodrigo manda Cesare e Alessandro Farnese a Firenze, dove dovrebbero assicurare alla giustizia il carismatico monaco Savonarola. Questo si rivela un avversario difficile.
Ep. 4
Pax Vobiscum
Quando Lucrezia incontra il suo ex amante Alfonso D'Este, la sua passione divampa di nuovo. Nel frattempo, sa che il figlio Giovanni, presumibilmente rapito, è in buone mani.
Ep. 5
Ascensione
Roma riserva a Cesare un'accoglienza trionfale. Per poter sposare Carlotta, Cesare fa votare dal Collegio cardinalizio la sua esclusione da ogni ufficio ecclesiastico, contro il volere del padre.
Ep. 6
Pentecoste
Rodrigo e Giulia hanno una dipendenza da vetriolo. Mentre Alessandro manda la sorella in campagna, Gacet, il segretario di Rodrigo, tiene le redini del Vaticano. Della Rovere pensa ancora una volta di eliminare Gacet.
Ep. 7
La Santissima Trinità
Mentre Rodrigo impone il ritiro del vetriolo, Lucrezia e Alfonso D'Este si assicura un posto a Roma, e Cesare spera di conquistare Carlotta a Lione. Al "Jeu de Paume" (in italiano chiamato "Pallacorda", antenato del tennis odierno), Cesare e il re Carlo VIII giocano per il possesso della giovane dama di compagnia.
Ep. 8
Il gioco della moralità
A Lione Cesare mantiene la promessa fatta al re Luigi, ma gli rifiuta comunque la mano di Carlotta in matrimonio. Rodrigo dimostra pubblicamente la sua ritrovata forza. Lucrezia mostra forza anche quando fa capire al marito Alfonso Di Calabria chi ha il potere nel loro matrimonio. Alfonso subisce un'ulteriore umiliazione quando Lucrezia, e non lui, diventa governatore di Spoleto.
Ep. 9
Trasfigurazione
Cesare offre a Luigi di conquistare Milano per lui, cosa che allarma il cardinale Briconnet. Carlotta finalmente ricambia l'amore di Cesare. Una gelida accoglienza attende Lucrezia a Spoleto. Nonostante riesca a conquistare il cuore dei residenti con uno stratagemma, il fratello di Lucrezia, Goffredo, crea presto nuovi problemi.
Ep. 10
Assunzione
Cesare spinge alla conquista di Milano. Per tenere a freno Cesare, il re Ludovico gli dà in moglie Carlotta. A Spoleto Lucrezia può scongiurare la guerra. Quando però rimane incinta, torna a Roma e lascia la città nelle mani del suo confidente Bembo. Giulia vuole sistemarsi economicamente sposando un altro uomo, ma Rodrigo non la lascerà mai andare.
Ep. 11
I sette dolori
Cesare dice addio alla moglie Charlotte. Usando l'astuzia militare conquista Milano per conto del re Ludovico. Sorge un conflitto tra Rodrigo e la duchessa Caterina. Il Papa usa le truppe di Cesare contro la Duchessa. Lucrezia porta la pace nella sua famiglia: media la riconciliazione tra la sorellastra Isabella e Rodrigo, che abbraccia il nipote Aurelio.
Ep. 12
Chi è come Dio?
Invano Cesare assedia la fortezza in cui si è rintanata la duchessa Caterina, ma si conquista un importante amico in Leonardo da Vinci. Alfonso D'Este ritorna nella vita di Lucrezia e suscita la gelosia del marito Alfonso Di Calabria. C'è un litigio tra Giulia e Rodrigo, che si ritira in un monastero e cede i suoi incarichi ufficiali a Lucrezia.
