Ep. 1
La congiura
Lucrezia gestisce gli affari di Rodrigo con grande abilità finché questi torna a Roma e la fa sua consigliera. Cesare conduce una campagna contro le province separatiste dello Stato Pontificio.
Ep. 1
Ep. 2
Una nuova era
Dopo un attacco epilettico, Rodrigo permette a Giulia di tornare a Roma, ma la loro storia d'amore è finita: ora gode della presenza di Yuisa, una donna del Nuovo Mondo.
Ep. 3
1497
Cesare fa prigioniera Dorotea Malatesta. Mentre Alfonso D'Este ritorna nella vita di Lucrezia, la confidente di Giulia Rodrigo spinge Yuisa al suicidio.
Ep. 4
Sfide
Con irritazione di Rodrigo, Cesare è costretto a sottomettersi a Luigi e concedergli un passaggio sicuro attraverso lo Stato Pontificio. La disattenzione di Alfonso Di Calabria fa ammalare gravemente il figlio minore di Lucrezia.
Ep. 5
Capro espiatorio
Mentre sia Federigo d'Aragona che Luigi rivendicano il trono di Napoli, Cesare conquista Faenza senza combattere. Alfonso Di Calabria vuole far uccidere Cesare, ma il piano viene smascherato.
Ep. 6
Indulgenza
Della Rovere affida Alidosi al segretario di Rodrigo, Gacet, per annientarlo definitivamente. Rodrigo congeda Gacet quando lo vede baciare Alidosi. Cesare convince Lucrezia a tornare a Roma e sposare Alfonso D'Este. Per poter rompere il fidanzamento con un'altra donna, i Borgia devono fare alcune concessioni politiche al re francese Luigi.
Ep. 7
La presa di Rimini
Quando Dorotea Malatesta lascia Cesare con la figlia appena nata, lui si vendica crudelmente di lei e della sua famiglia. Lucrezia rimuove gli ostacoli al suo matrimonio con Alfonso D'Este.
Ep. 8
1502
Gacet ritorna come inviato dell'Impero Ottomano. Durante il matrimonio di Lucrezia con Alfonso D'Este a Roma, le ostilità tra le loro famiglie ribollono sotto la superficie.
Ep. 9
La morte del Papa
A Ferrara, Lucrezia, sorella di Alfonso D'Este, incontra ostilità. Alfonso proibisce all'uomo solitario di trattare con il fratellastro illegittimo Giulio; Cesare coglie di sorpresa i generali rinnegati e li fa uccidere.
Ep. 10
Il tramonto
La morte del figlio appena nato indebolisce la posizione di Lucrezia, soprattutto perché la sua amicizia con Giulio Alfonso suscita l'ira di D'Este. Prima del conclave Cesare strappa concessioni ai partiti avversari.
Ep. 11
Oscurità
Il vecchio Ercole D'Este muore a Ferrara e Alfonso viene acclamato nuovo Duca. Quando Della Rovere, il nuovo papa Giulio, supera in astuzia Cesare, Cesare inizia a sfidare i suoi ordini.
Ep. 12
1505
Quando Lucrezia viene a sapere della prigionia di Cesare solo dopo la nascita di suo figlio, annuncia con coraggio che preferirebbe sacrificare suo figlio piuttosto che tradire suo fratello. Nonostante la brillante supplica di Niccolò Machiavilli, Della Rovere lo lascia in carcere.
Ep. 13
1506
Mentre Lucrezia deve dare un erede ad Alfonso D'Este affinché non divorzi, Cesare diventa prigioniero di Ferdinando d'Aragona. Ferdinando offre a Cesare la libertà se uccide suo genero Filippo d'Asburgo.
Ep. 14
1507
Cesare riesce a fuggire in Navarra presso il cognato Johann D'Albret, per conto del quale dovrebbe reprimere una rivolta. Mentre Giulia assicura il futuro della famiglia Farnese a Roma, Lucrezia porta la pace.
