Ep. 1
Il duello
Yoda guida tre soldati cloni contro un esercito di droidi.
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Stagione 1
La prima stagione è ambientata subito dopo il film omonimo, e vede Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker e la sua giovane Padawan Ahsoka Tano impegnati nella battaglia contro i Separatisti, guidati dal Conte Dooku e dal malvagio Generale Grievous. Vengono riproposti personaggi che sono presenti nel film, come la sicaria Asajj Ventress e Ziro the Hutt ma ne vengono introdotti anche di nuovi come il pirata Hondo Ohnaka, e i cacciatori di taglie Cad Bane e Aurra Sing. I Separatisti, in questa stagione, tentano di ampliare i loro domini invadendo diversi pianeti come Naboo, Rugosa, Maridun e Ryloth. Inoltre sperimentano nuove armi micidiali come un cannone ionico (usato per rendere inermi le navi, prima di distruggerle, senza lasciare quindi nessun sopravvissuto) e il virus Blue Shadow, che può contaminare l'intera Galassia. Nelle prime puntate, la Repubblica ottiene un'importante vittoria con la distruzione della nave di Grievous Malevolence. Nell'ultima puntata, lo spietato cacciatore di taglie Cad Bane riesce a liberare Ziro the Hutt dopo aver tenuto in ostaggio diversi senatori a nel palazzo della Repubblica a Coruscant.
Ep. 1
Ep. 2
Missione di salvataggio
I Jedi affrontano un attacco separatista dotato di un'arma nuova.
Ep. 3
L'ombra della Malevolence
Anakin guida un attacco alla nave da guerra di Grievous.
Ep. 4
Attacco alla Malevolence
Padme e C-3PO vengono catturati nel mezzo di una battaglia spaziale.
Ep. 5
Reclute
Le reclute devono badare a loro stesse durante un'invasione.
Ep. 6
La caduta di un droide
R2-D2 è disperso in battaglia.
Ep. 7
La stazione spia
Anakin deve trovare R2-D2 e distruggere una stazione spia.
Ep. 8
Jar Jar Jedi
I Separatisti scambiano Jar Jar Binks per uno Jedi.
Ep. 9
Il velo dell'oscurità
Ahsoka e la Maestra Luminara combattono contro Ventress.
Ep. 10
Il covo di Grievous
II Generale Grievous si dimostra degno dei Separatisti.
Ep. 11
La cattura del conte Dooku
II Conte Dooku viene catturato dai pirati.
Ep. 12
Il riscatto
Anakin , Obi-Wan e Dooku formano un'alleanza per fuggire.
Ep. 13
Atterraggio di fortuna
Anakin viene ferito e Ahsoka deve prendere il comando.
Ep. 14
I difensori della pace
Un villaggio deve scegliere da che parte stare nella guerra.
Ep. 15
Guerra e pace
Anakin e Obi Wan si trovano nel mezzo di una guerra territoriale.
Ep. 16
Il nemico invisibile
Anakin e Obi-Wan scoprono che tra di loro c'è un traditore.
Ep. 17
Il virus Blue Shadow
Padmè e Jar Jar cercano un laboratorio dei Separatisti.
Ep. 18
Il mistero delle mille lune
II mortale virus Blue Shadow si diffonde nell'aria.
Ep. 19
Tempesta su Ryloth
Ahsoka disobbedisce agli ordini di Anakin.
Ep. 20
Gli innocenti
Obi-Wan e una truppa di cloni affrontano un cannone droide.
Ep. 21
Quell'ultimo ponte
Con le sue forze sempre più esigue, Mace Windu deve convincere il Cham Syndulla ad aiutarlo a salvare la capitale.
Ep. 22
Ostaggi
I cacciatori di taglie prendono il controllo del Senato.
