Dopo aver affrontato vari nemici e situazioni complesse, la trama si concentra sul pericolo crescente rappresentato da Malware, un avversario determinato a distruggere e assorbire il nucleo di Galvan B per diventare un pianeta vivente. Ben e il suo team, composto da Rook, Nonno Max, Gwen, Kevin e gli scienziati galvaniani Blukic e Driba, si uniscono per contrastare questa minaccia imminente.
Ep. 1
L'Omnitrix inizia a funzionare male e va in tilt quando il dottor Psycho ruba un pezzo del nucleo dell'Omnitrix, facendo mutare Rook in un mezzo Gourmand e mezzo Revonnahgander dopo che Ben 10 tenta di completare una trasformazione.
Ep. 2
Gwen e Kevin visitano Bellwood. Kevin dice a Ben che deve nascondersi dalla principessa Tetramand Looma mentre lei gli sta dando la caccia in quanto suo promesso sposo.
Ep. 3
Magister Patelliday viene rapito dai pirati che derubano le navi e le mettono in gigantesche bottiglie di vetro per venderle. Qualsiasi tentativo di salvataggio è difficile, poiché hanno un Krakken e un esercito di robot.
Ep. 4
Ben e Rook devono impedire a Trumbipulor di acquisire il potere assoluto mentre Blukic e Driba si mettono alla ricerca di Mr. Smoothy.
Ep. 5
Ben e Rook vengono attaccati da Khyber a un festival.
Ep. 6
Billy Billions trasforma di nuovo Ben e Rook in bambini.
Ep. 7
Ben e Rook visitano la famiglia di Rook mentre Revohnnah viene attaccata da un vecchio nemico.
Ep. 8
Quando Eon costringe il giovane Ben e l'adolescente Ben a cambiare idea, solo il Professor Paradox, viaggiatore nel tempo, può risolvere le cose e aiutare Ben a impedire a Eon di impossessarsi delle linee temporali.
Ep. 9
Ben incontra una versione alternativa di se stesso mentre cerca il negozio del 23esimo Mr. Smoothy.
Ep. 10
Come pagamento per aver distrutto la sua macchina, il signor Baumann ordina a Ben di effettuare consegne per lui senza usare l'Omnitrix.
Un film, una serie, un attore o un doppiatore. Oppure una domanda: «chi doppia Woody?»
