Ep. 1
La mutazione continua
Le Tartarughe scoprono che i Kraang sono sopravvissuti al loro precedente scontro e hanno disseminato contenitori mutageni in tutta New York City.
Ep. 1
Ep. 2
L'invasione degli scoiattoli mutanti
Mentre inseguono il mutageno, le Tartarughe riportano uno scoiattolo mutato nella tana. Quando inizia a moltiplicarsi, le Tartarughe devono dare la caccia agli scoiattoli mutanti e impedire loro di scappare in città.
Ep. 3
Obbedire agli ordini
Le Tartarughe affrontano un esercito di soldati robot; Karai cattura Leonardo e lo costringe a combattere contro ninja in grado di adattarsi a ogni sua mossa.
Ep. 4
Mutagen Man
Donatello sperimenta con il mutageno nel tentativo di trovare una cura per il padre mutato di April. Ma uno dei suoi esperimenti va male e viene liberato in città.
Ep. 5
La Tarta-Acne
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Ep. 6
Obiettivo: April O'Neil
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Ep. 7
Una nuova tartaruga
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Ep. 8
Il buono, il brutto e Casey Jones
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Ep. 9
La cospirazione dei Kraang
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Ep. 10
Il fungo
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Ep. 11
Metalhead 2.0
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Ep. 12
Uomini e topi
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Ep. 13
L'attacco dei vermi spaziali (prima parte)
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Ep. 14
L'attacco dei vermi spaziali (seconda parte)
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Ep. 15
Labirinti e mutanti
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Ep. 16
La mutazione di Baxter Stockman
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Ep. 17
I nuovi nemici dei Kraang
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Ep. 18
Pizza Face
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Ep. 19
La rabbia di Tiger Claw
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Ep. 20
La leggenda di Kuro Kabuto
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Ep. 21
Piano 10
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Ep. 22
La vendetta
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Ep. 23
Storia di un fantasma
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Ep. 24
Nella Dimensione X
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Ep. 25
L'invasione (prima parte)
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Ep. 26
L'invasione (seconda parte)
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