Un agente dei servizi segreti si reca da Wayward Pines, in Idaho, alla ricerca di due agenti federali scomparsi nella città. La cittadina si mostra però sin da subito come un contesto surreale, incomprensibile, dal quale non sembra possibile uscire o comprendere cosa vi accada. Come immerso in una realtà onirica, il protagonista dovrà indagare su cosa davvero si cela dietro questo strano mondo, in un racconto costellato di rivelazioni e misteri, e dettagli talvolta concessi altre volte nascosti allo spettatore.
Ep. 1
L'agente dei Servizi Segreti Ethan Burke sta indagando sulla scomparsa di due agenti federali, Kate Hewson e Bill Evans. Durante le indagini è coinvolto in un incidente d'auto e si risveglia in una strana cittadina, Wayward Pine.
Ep. 2
Ethan sfida gli ordini dello Scheriffo Pope che gli ha intimato di non lasciare la città e cerca un modo per evadere da Wayward Pines. Scopre che l'agente Evans si era sposato ma si è ucciso di fronte a sua moglie. Nel frattempo la moglie di Ethan e suo figlio si mettono in viaggio per scoprire che fine ha fatto.
Ep. 3
Kate avvisa Ethan che gli è stata data una seconda, rara, occasione, dopo l'esecuzione di Beverly. Durante un nuovo tentativo di fuga, Ethan trova l'auto di Theresa che sembra essere stata abbandonata da anni. I Burkes finalmente si riuniscono e Ethan spiega ai suoi cosa sta succedendo.
Ep. 4
Ethan e la sua famiglia decidono di fingere di essere "felici" così che Ethan possa indagare in segreto e scoprire cosa si nasconde dietro la stranezza di questo luogo e scopre dei files sui cittadini che contengono informazioni sulle loro vite precedenti.
Ep. 5
Ethan viene aggredito e seguito da degli strani esseri umanoidi. Ben viene a sapere dell'evoluzione della razza umana in violente creature carnivore che ora dominano il pianeta sin dall'anno 4028. I cittadini di Wayward Pine furono rapiti e messi in ibernazione per oltre duemila anni prima di essere risvegliati in quello che è una sorta di arca per re-introdurre la razza umana sulla Terra.
Ep. 6
Il Dr. Pilcher porta Ethan al centro di controllo segreto e gli racconta la storia della città. Nel 1990 Pilcher scoprì il gene mutante e predì l'avvento delle "aberrazioni". La comunità scientifica lo derise e lui intraprese il progetto per salvaguardare il futuro della razza.
Ep. 7
Quando Ethan parla con sua moglie raccontandole la verità, lei si convince che suo marito è stato vittima di qualche esperimento o altro. Ethan trova la bomba nell'auto e comincia a indagare sulla cospirazione. Theresa trova una struttura sotterranea di metallo.
Ep. 8
Dopo l'esplosione Ben viene ricoverato in ospedale e Ethan e Pilcher cercano di localizzare i restanti membri della cospirazione. Ethan parla con Kate, che ora è in prigione, ma che rifiuta di cooperare con le sue indagini.
Ep. 9
Ethan arriva alla recinzione giusto in tempo per fermare tre mutati dall'entrare. Tre ragazzi della Classe Prima dell'Accademia vanno a liberare Kate, Harold e Franklin. Theresa trova un video di Hassler che parla della caduta di San Francisco nell'anno 4020 e lo mostra a Ethan e Kate.
Ep. 10
Parecchi mutati si introducono a Wayward Pines dopo che Pilcher ha tagliato la corrente. Ethan e Kate dirigono i cittadini nel bunker per salvarli ma non tutti ci arrivano. Pam è contro l'idea di Pilcher di fare tabula rasa e ricominciare daccapo con il gruppo C, così la iberna contro la sua volontà. Ethan affronta il sacrificio ultimo per salvare i sopravvissuti. Ben viene ferito e quando si risveglia sono passati tre anni e le cose non sembrano essere cambiate più di tanto...
Un film, una serie, un attore o un doppiatore. Oppure una domanda: «chi doppia Woody?»
