Ep. 1
Darkstar: stella oscura
Un nuovo criminale arriva in città, si chiama Darkstar, commette dei crimini e attira subito l'attenzione della squadra.
Ep. 1
Ep. 2
Soli insieme
Durante una battaglia, Ben e un comandante alieno vengono teletrasportati su un pianeta lontano. Devono mettere da parte le loro divergenze se vogliono avere qualche possibilità di trovare un modo per tornare sulla Terra.
Ep. 3
Buona copia, cattiva copia
Un alieno si spaccia per Ben con l'intento di usare il suo Omnitrix per annientarlo.
Ep. 4
Save the last dance
Kevin chiede a Gwen di accompagnarlo al ballo scolastico; Ben teme di perdere il controllo dell'Omnitrix.
Ep. 5
Sotto copertura
Cooper viene rapito dagli Umalieni, che vogliono che costruisca un misterioso arco.
Ep. 6
Progetto cucciolo
Per trovare e distruggere la specie aliena dei draghi, i Cavalieri Immortali catturano Nave per prendere il controllo di un'astronave costruita con tecnologia aliena, con lo scopo di localizzare il loro pianeta d'origine e annientarli.
Ep. 7
In punizione
Quando i genitori di Ben scoprono la sua capacità di trasformarsi in alieni, gli proibiscono di usare l'Omnitrix e in seguito gli vietano di usarlo di nuovo. Alla fine anche Gwen viene messa in punizione, lasciando a Kevin il compito di fermare gli Umalieni.
Ep. 8
Il Dottor Vuoto
Dopo che Gwen riceve un SOS da Helen, Ben deve entrare nel Vuoto Totale per salvare lei e Manny. Una volta lì, deve trovare Chiave Inglese per fermare Dottor Vuoto, che si scopre essere il vecchio nemico di Ben, il Dottor Animus.
Ep. 9
Il prigioniero
Ben e la sua banda salvano un prigioniero fuggito dagli Umalieni.
Ep. 10
Il principe Simian
La banda aiuta il principe degli scimpanzé aracnidi a riconquistare il potere.
Ep. 11
Cucciola
Ben si prende cura di un piccolo mostro e lo aiuta a trovare i suoi genitori prima che gli Umalieni lo trovino.
Ep. 12
Guerra dei Mondi (prima parte)
Ben, Gwen e Kevin radunano i loro alleati per contrastare la minaccia della flotta degli Ibridi in arrivo. Azmuth rivela un segreto sull'Omnitrix.
Ep. 13
Guerra dei Mondi (seconda parte)
Ben si reca nel mondo degli Ibridi nel tentativo di fermare il loro attacco alla Terra.
