Ep. 1
La scatola magica
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Stagione 1
La serie animata è ambientata dopo le vicende del film Madagascar 2, quindi dopo che i quattro protagonisti della serie cinematografica - Alex, Marty, Melman e Gloria - hanno deciso di rimanere per un po' in Kenya. I pinguini, prima di assaporare Monte Carlo, sono tornati a New York per un anno o di più, allo zoo di Central Park dove sono presenti anche i lemuri Re Julien, Maurice e Mortino. La presenza dei tre lemuri è dovuta al fatto che si sono fatti spedire dentro una cassa dal Kenya al Madagascar e da esso a New York (come viene fatto vedere nella sigla iniziale), e poi torneranno dopo un anno in Africa, come all'inizio del terzo film.
Ep. 1
Ep. 2
Gita sulla luna
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Ep. 3
Versi mostruosi
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Ep. 4
Peluche sotto copertura
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Ep. 5
La giornata di re Julien
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Ep. 6
Coccole a catena
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Ep. 7
Botte da orbi
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Ep. 8
La dolce vittoria
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Ep. 9
I piedi di re Julien!
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Ep. 10
Intrappolati nella rete
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Ep. 11
Una nuova corona
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Ep. 12
Mortino è scomparso
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Ep. 13
Un nuovo re
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Ep. 14
Zoo e motori
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Ep. 15
Una bomba per Rico
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Ep. 16
Missione popcorn
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Ep. 17
Pesce
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Ep. 18
Sfida a hockey
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Ep. 19
Agofobia
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Ep. 20
Eclissi
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Ep. 21
Mega-Mortino
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Ep. 22
L'ingombrante inquilina
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Ep. 23
Biscotto del malaugurio
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Ep. 24
Lemu robot
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Ep. 25
Scambi mentali
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Ep. 26
L'orca volante
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Ep. 27
A spasso con Marlene
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Ep. 28
Un gatto nei guai
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Ep. 29
Amore di scimmia
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Ep. 30
Sotto sorveglianza
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Ep. 31
Tutto torna indietro
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Ep. 32
Il procione mascherato
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Ep. 33
Ritmo perduto
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Ep. 34
La legge della giungla
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Ep. 35
Zombie per caso
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Ep. 36
Operazione punturina
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Ep. 37
Regale solitudine
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Ep. 38
L'intoccabile
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Ep. 39
Sporco strabordante
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Ep. 40
Fiocco rosa
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Ep. 41
Un elefante non dimentica mai
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Ep. 42
Love-detector
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Ep. 43
Animali in onda
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Ep. 44
Il pesce serpente
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Ep. 45
Il mostro verde
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Ep. 46
Il gioco del falco
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Ep. 47
Il click della discordia
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Ep. 48
La vendetta del dr. Blowhole
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