Ep. 1
Lo scoiattolo rosso
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Stagione 2
La serie animata è ambientata dopo le vicende del film Madagascar 2, quindi dopo che i quattro protagonisti della serie cinematografica - Alex, Marty, Melman e Gloria - hanno deciso di rimanere per un po' in Kenya. I pinguini, prima di assaporare Monte Carlo, sono tornati a New York per un anno o di più, allo zoo di Central Park dove sono presenti anche i lemuri Re Julien, Maurice e Mortino. La presenza dei tre lemuri è dovuta al fatto che si sono fatti spedire dentro una cassa dal Kenya al Madagascar e da esso a New York (come viene fatto vedere nella sigla iniziale), e poi torneranno dopo un anno in Africa, come all'inizio del terzo film.
Ep. 1
Ep. 2
Il portale del tempo
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Ep. 3
Alligatore cerca casa
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Ep. 4
Piccioni alla riscossa
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Ep. 5
Non toccatemi
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Ep. 6
Ovetto il duro
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Ep. 7
Il tesoro perduto dello Scoiattolo d'Oro
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Ep. 8
Fermate le macchine
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Ep. 9
Tocco mortale
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Ep. 10
Mr. Frac
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Ep. 11
Giungla di cemento
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Ep. 12
Fratelli scarafaggi
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Ep. 13
Una gita da pazzi
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Ep. 14
Tassi suscettibili
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Ep. 15
Furia esplosiva
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Ep. 16
La corona magica
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Ep. 17
Buongiorno e... sogni d'oro
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Ep. 18
Un boa a New York
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Ep. 19
La fontana dei desideri
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Ep. 20
Pesce d'aprile
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Ep. 21
Ciao, bambola!
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Ep. 22
Un nemico dal passato
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Ep. 23
Il travisibile
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Ep. 24
L'imprevedibile
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Ep. 25
La belva meccanica
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Ep. 26
Amico-in-scatola
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Ep. 27
Il modo giusto
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Ep. 28
Gioielli regali
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Ep. 29
Crisi al comando
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Ep. 30
Mal di verità
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Ep. 31
La lunga notte prima di Natale
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Ep. 32
Colpo di Stato allo Zoo
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Ep. 33
Arte pericolosa
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Ep. 34
L'amore fa male
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Ep. 35
L'agente X
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Ep. 36
Super mega-genio
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Ep. 37
Il nuovo braccio destro
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Ep. 38
Il pericolo indossa il mantello
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Ep. 39
Operazione: Shakespeare
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Ep. 40
Microinfiltrato
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Ep. 41
La patata bollente
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Ep. 42
Un giorno da Re Julien
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Ep. 43
Addio Maurice
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Ep. 44
Arma segreta: tenerezza
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Ep. 45
Scambio di vicini
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Ep. 46
Il ritorno di Savio
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Ep. 47
Mini-Skipper
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Ep. 48
Aringa dipendenti
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Ep. 49
Una visita dello zio Nigel
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Ep. 50
Vacanza a sorpresa ad Hoboken
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Ep. 51
Il ritorno del dr. Blowhole: la vendetta
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Ep. 52
Due Animaletti per i Gemelli
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Ep. 53
Piccoli Aiuti Domestici
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Ep. 54
Operazione: Buona Azione
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Ep. 55
Dolce Trappola
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Ep. 56
Il Tempometro
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Ep. 57
La spia dormiente
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Ep. 58
La pancia lo sa
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Ep. 59
La Pazzia di Kowalski
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Ep. 60
Il grande S.T.A.N.K
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Ep. 61
Arci Nemico
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Ep. 62
Operazione: Antartica
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Ep. 63
Il grande trasloco
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Ep. 64
Guerra All'estinzione
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Ep. 65
Odio a Prima Vista
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Ep. 66
Guai con Jiggles
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Ep. 67
Intruso Tentacolare
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Ep. 68
Giochi Pericolosi
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